Trước ngày 01/7/2025, phân bón thuộc nhóm “không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT)”. Từ ngày đó, phân bón chịu thuế suất 5%. Bài này tóm tắt các văn bản đang có hiệu lực đến tháng 11/2026: loại nào chịu 5%, nhà máy được gì, nông dân có phải nộp gì, hóa đơn ra sao.

Văn bản đang áp dụng

  • Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 của Quốc hội, ngày 26/11/2024, hiệu lực 01/7/2025; sửa đổi bởi Luật số 90/2025/QH15, Luật số 149/2025/QH15 (hiệu lực 01/01/2026) và Luật số 09/2026/QH16 (ngày 24/4/2026).

  • Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ hướng dẫn Luật, sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP (hiệu lực 01/01/2026) và Nghị định 144/2026/NĐ-CP (hiệu lực 20/6/2026).

Các lần sửa đổi trên không đụng tới mức 5% của phân bón.

Những mặt hàng nào chịu thuế 5%?

Theo điểm b khoản 2 Điều 9 Luật và khoản 1 Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, nhóm 5% gồm:

  • Phân bón theo quy định của pháp luật; văn bản không đặt mức riêng cho phân vô cơ, hữu cơ hay sinh học.

  • Quặng để sản xuất phân bón, như quặng apatit làm phân chứa lân, đất bùn làm phân vi sinh.

  • Thuốc bảo vệ thực vật và chất kích thích tăng trưởng vật nuôi.

Mức 5% áp dụng cho cả phân sản xuất trong nước lẫn phân nhập khẩu. Phân bón không được giảm 2%: Nghị quyết 204/2025/QH15 ngày 17/6/2025 của Quốc hội và Nghị định 174/2025/NĐ-CP chỉ giảm nhóm hàng 10% xuống 8% (từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026), hàng chịu 5% không thuộc diện này.

Doanh nghiệp sản xuất phân: khấu trừ và hoàn thuế

Khi phân còn “không chịu thuế”, nhà máy không được khấu trừ thuế GTGT đã trả khi mua nguyên liệu, điện, bao bì. Nay:

  • Thuế đầu vào dùng cho sản xuất phân được khấu trừ toàn bộ; dùng chung với hàng không chịu thuế thì phân bổ theo tỷ lệ doanh thu (khoản 1 Điều 14 Luật).

  • Điều kiện: có hóa đơn GTGT (hoặc chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu) và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (khoản 2 Điều 14 Luật). Theo Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hàng mua từ 5 triệu đồng trở lên (đã có thuế) phải chuyển khoản; mua nhiều lần trong ngày của cùng người bán, tổng từ 5 triệu đồng cũng vậy.

  • Hoàn thuế: cơ sở chỉ sản xuất hàng chịu 5% có thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc 4 quý liên tục thì được hoàn (khoản 3 Điều 15 Luật, Điều 31 Nghị định 181/2025/NĐ-CP).

Đại lý, cửa hàng bán phân

  • Đại lý là doanh nghiệp tính thuế khấu trừ: xuất hóa đơn GTGT thuế suất 5%, được trừ thuế 5% trên hóa đơn mua vào.

  • Hộ kinh doanh tính trực tiếp: thuế bằng 1% doanh thu phân phối hàng hóa (điểm b khoản 2 Điều 12 Luật).

  • Hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm từ mức Chính phủ quy định trở xuống không chịu thuế GTGT (khoản 25 Điều 5 Luật, sửa bởi Luật 09/2026/QH16). Mức hiện hành là 1 tỷ đồng/năm theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP ngày 29/4/2026, áp dụng từ 01/01/2026.

Bà con nông dân có phải nộp gì không?

  • Khi mua phân: thuế 5% đã nằm trong giá, người bán kê khai và nộp. Bà con mua về bón không phải kê khai hay nộp thêm gì.

  • Khi bán nông sản tự trồng: sản phẩm chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường (làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay xát…) do người trồng bán ra không chịu thuế GTGT (khoản 1 Điều 5 Luật). Nông hộ không kê khai thuế GTGT nên cũng không khấu trừ hay xin hoàn 5% đã trả trong giá phân.

  • Hợp tác xã, doanh nghiệp nông nghiệp tính thuế khấu trừ thì được trừ thuế 5% trên hóa đơn mua phân. Khi bán nông sản chưa chế biến cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác, họ không phải kê khai, tính nộp thuế nhưng vẫn được khấu trừ đầu vào (khoản 1 Điều 5 Luật, sửa bởi Luật 149/2025/QH15; khoản 1b Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP).

Hóa đơn khi mua phân

Từ 01/7/2026, hóa đơn theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026, thay Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP.

  • Hộ kinh doanh doanh thu năm trên 1 tỷ đồng phải dùng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc khởi tạo từ máy tính tiền (Điều 6).

  • Người mua không cung cấp tên, địa chỉ, số định danh thì hóa đơn ghi “Bán cho người tiêu dùng” (Điều 10); hóa đơn này không dùng để hạch toán chi phí. Hợp tác xã, trang trại cần khấu trừ phải đưa đủ tên, mã số thuế.

Lưu ý

  • Mua phân nên lấy hóa đơn và giữ bao bì, phòng khi cần khiếu nại chất lượng.

  • Thấy hóa đơn phân bón ghi thuế suất khác 5% thì hỏi lại người bán.

  • Quy định thuế đổi khá nhanh; trước khi làm hồ sơ khấu trừ, hoàn thuế nên hỏi cơ quan thuế quản lý.

Tóm lại

Phân bón chịu thuế GTGT 5% từ 01/7/2025, đến tháng 11/2026 chưa đổi. Nhà máy được khấu trừ, hoàn thuế đầu vào; đại lý hộ kinh doanh nộp 1% doanh thu, doanh thu từ 1 tỷ đồng/năm trở xuống thì không chịu thuế GTGT. Bà con mua phân không phải nộp thêm gì; nhớ lấy hóa đơn.

Bà con cần tư vấn thêm về chọn phân, cứ gọi số tư vấn trên website hoặc nhắn Zalo cho Chelate Asia nhé.

Tài liệu tham khảo: Quốc hội – Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, Luật số 149/2025/QH15, Luật số 09/2026/QH16, Nghị quyết 204/2025/QH15; Chính phủ – Nghị định 181/2025/NĐ-CP, 359/2025/NĐ-CP, 144/2026/NĐ-CP, 141/2026/NĐ-CP, 254/2026/NĐ-CP; Bộ Tài chính – Văn bản hợp nhất 18/VBHN-BTC.

Bài viết tóm tắt để bà con dễ hiểu, không thay thế văn bản pháp luật. Thông tin cập nhật đến tháng 11/2026; khi cần áp dụng, bà con tra cứu văn bản gốc hoặc hỏi cơ quan nông nghiệp địa phương.

Ảnh minh họa: Fortepan / Veszprém Megyei Levéltár / Kozelka Tivadar, Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0).